Катерина, выкапывать не призываю.
Если подвой карликовый (а не полукарлик, как обычно бывает), то корни очень слабенькие, яблоня нуждается в постоянной подпорке.
Если Ваша яблоня 100% привита на карлик и не качается - то может ее заглубили при посадке?
Подопревание коры (кольцевое), которое приводит к такой картине, бывает в другую погоду, не как в этом году (если почва еще не оттаяла, а снег начал таять, и у стволиков стоит вода). Или опять таки при заглублении до места, где начинается кора привоя. Или если долго стоит вода...
И найти место подопревания сложно - это может быть кольцо в несколько миллиметров.
Чтобы разобраться - нужны детали.