думаю эти 4см снега вас спасли

У лилейников апикальная меристема расположена прямо на уровне крепления листьев к корневищу - если вы соскребли 1мм корневища по центру где рос пучек листьев то вы повредили апикальную меристему.
Насчет боковых побегов пока сказать не могу - сам на них надеюсь. При делении лилейников видно что есть побеги выходящие почти с нижней части крневища - даже ниже корней. Такая меристема должна сохраниться но обычно "низовые" или "столоновилные" побеги возникают у крупных кустов у которых новым росткам некуда расти. У молодых растений боковые почки разрывают лист где то чуть ниже апикальной меристемы или на ее уровне. Эти точки роста у подгнивших растений могут быть повреждены.
В любом случае как при подмерзании так и в вашем случае подгнивания надо позаботиться что бы гниль не пошла дальше в корневище. Для этого если растение подмерзло я ни в коем случае не ркомендую скоблить по макушке где апикальная меристема - можно аккуратно скальпелем или лоечкой снять подгнившую ткань с краев (где крепились листья) а центральную часть прополоскать в воде смыв гниль которая еле держится. Это в том случае если растение выкопали. если растение не выкапывали то отгрести землю и подчистить только края не трогая центр.
Дальше надо как то обеззаразить оставшиеся бактерии. Использовать зеленку скорее всего нельзя - она на 70-50% спирту а спирт может убить клетки меристемы. Стерилизация 70% спиртом - это стандартная процедура при вводе растения в микроклоналку и им не рекомендуется обрабатывать молодые побеги, меристему а время обработки всего 30секунд - большее время убивает клетки путем высасывания из них воды (так же убиваются и бактерии).
Теперь антибиотики - это лучший способ но с антбиотиками надо быть аккуратным - они токсичны не только для бактерий но и для растений поэтому прежде чем обработать меристему антибиотиком его надо протестировать. Есть специальные антибиотики которые точно выдеривает меристема лилейников (ванкомицин, тиментин, рифампицин - последний надо держат в тени - на свету он ыстро разлагается) но в свободной продаже этих препаратов нет - разве что ванкомицин иногда бывает. Его надо использовать в концентрации 5мг/литр.
Можно попробовать стрептомицин но конечно не в таких лошадиных концентрациях как я писал для обработки ирисов от Эрвинии - у ирисов антибиотик не действует на меристему а им поливется корневище. Для меристемы лилейнико думаю надо брать концентрацию 25-50мг/литр. Иногда в продаже бывает неомицин - это близкий "родственник" стрептомицина но он менее токсичен для эукориот поэтому если найдете его то лучше им.
После обработки растения в поле надо позаботиться о его защите от солнца и дождя. Ультрафиолет может легко повредить клетки меристемы - они никогда не видят солнца и у них нет ни хлорофила ни каротиноидов для защиты от ультрафиолета. Это не корневище ириса которое можно кинуть на солнце на пару дней и радоваться. Поэтому лунку вокруг подгнившего растения надо притенитьположив на нее например картонку а если подгнила гряда можно просто натянуть лутрасил 60 а поверх плнку что бы вода не карала на подгнившее корневище.